Sejumlah hambatan muncul karena perbedaan tingkat komitmen daerah dalam pengembangan pendidikan. Juga dinilai lemahnya profesionalisme daerah dalam mengelola pendidik dan tenaga kependidikan. Ada juga yang melihat dari sisi ketidakmerataan/ketidak sinkronan pengelolaan pendidikan antara Kementrian Agama (madrasah) dengan pendidikan di bawah pemerintah daerah dan/Kemdikbud (sekolah).